El ayuno intermitente es seguro para la mayoría de las personas, aunque, sobre todo al principio, pueden observarse algunos efectos secundarios. Estos efectos no deseados tienen a remitir a medida que el cuerpo se acostumbra.

Hambre: Es una de las quejas más frecuentes entre las personas que practican el ayuno intermitente. Con el tiempo, muchas personas informan que esta sensación disminuye a medida que el cuerpo se acostumbra al nuevo régimen.

Fatiga: Especialmente al principio, es posible que experimentes fatiga o una disminución en los niveles de energía.

Irritabilidad: Algunas personas pueden sentirse irritables o tener cambios de humor durante los períodos de ayuno.

Dificultad para concentrarse: Durante los períodos de ayuno, algunos informan una disminución en la capacidad de concentración o claridad mental, aunque otros experimentan el efecto contrario.

Insomnio: Algunas personas pueden tener dificultades para dormir, especialmente si consumen cafeína o otros estimulantes para contrarrestar el hambre o la fatiga.

Dolores de cabeza: Algunas personas informan dolores de cabeza, especialmente al inicio del ayuno intermitente.

Estreñimiento: Al consumir alimentos con menos frecuencia, puede haber una reducción en la frecuencia de las evacuaciones intestinales.

Mareo o sensación de debilidad: Puede ser causado por una disminución en la ingesta calórica o desequilibrios electrolíticos.